Скайлер подаёт на развод. Она догадалась, что Уолт как-то связан с наркобизнесом. В итоге он сам ей признаётся. А Джесси проходит курс реабилитации. Ему становится лучше.
3 сезон 1 серия: Хватит!
3 сезон 2 серия: Безымянный конь
Уолт желает вернуться домой, но боится, что Скайлер заявит в полицию. Сол Гудман его успокаивает и говорит, что она блефует, ведь в случае ареста Уолта она сама лишится всего. Скайлер же продолжает ненавидеть Уолта и запрещает ему видеться с детьми. Но Флинн всё равно видится с отцом втайне от матери. А Джесси покупает дом, который принадлежит его родителям и в котором он раньше жил. Благодаря Солу, удаётся сбить цену на дом более чем в 2 раза.
3 сезон 3 серия: Я.П.Т. (Я переспала с Тедом)
Скайлер обнаруживает Уолта в доме и требует у него убраться. Он не соглашается, тогда Скайлер вызывает полицию и клянётся, что расскажет им всё. Но Гудман был прав: она не решается сделать это. Уолтер остаётся дома. Фринг общается с мексиканцами и доном Саламанко. Он даёт им понять, что мистер Уайт ему нужен в личных целях и трогать его нельзя. А у Джесси продолжается депрессия. Он постоянно звонит на телефон Джейн, чтобы послушать автоответчик.
3 сезон 4 серия: Зелёный свет
Мистер Уайт отправляется бить рожу Теду. Его вовремя останавливает Майк, увезя к Гудману. Там Уолтер понимает, что в его доме установлены жучки.
Джесси варит партию мета самостоятельно. Ему удаётся расплатиться пакетиком с веществом на заправочной станции. Позже парень просит своего напарника свести его с "тем самым человеком", но Уолтер отказывает, сказав, что у Джесси получилось гавно, а не метамфетамин.
3 сезон 5 серия: Ещё
Хэнк продолжает своё расследование. Но пока-что всё глухо. Тем временем мистер Фринг показывает Уолтеру новую лабораторию, оборудованную по последнему слову науки и техники. Гус просит Уолта поработать тут 3 месяца за 3 миллиона долларов. Уолт находится под впечатлением от увиденной лаборатории, однако отказывает Гусу...
3 сезон 6 серия: Закат
Уолтер получает нового партнёра. Его зовут Гейл, он отличный химик и оставляет отличное впечатление о себе.
Расследование Хэнка привело его к Джесси. Теперь сотрудник УБН сидит в засаде, выжидая, когда Джесси отправится к трейлеру. Об этом узнаёт Уолт. Он понимает, что если Джесси арестуют, то выйдут и на него, ведь в трейлере полно его отпечатков пальцев.
3 сезон 7 серия: Одна минута
Хэнк серьёзно избивает Джесси, решив, что это именно он подстроил ложный звонок в предыдущей серии. Парень попадает в больницу. Там он говорит Уолту, что отомстит Хэнку и будет продолжать варить мет. Также Джесси говорит, что если его арестуют, то он сдаст с потрохами мистера Уайта.
Тем временем Хэнк решает уволиться из УБН. Это очень не кстати, ведь в город едут близнецы-мексиканцы, жаждущие мести за убийство Туко.